Het bestuur van De Johannes Stichting bestaat uit de volgende personen:

• De heer J. van Waas, Voorzitter
• De heer J. Detiger, Secretaris
• De heer D.G.A. van Luxemburg, Penningmeester

Het bestuur, en daarmee de Stichting, opereert onafhankelijk van donateurs en begunstigden.

Het bestuur ontvangt geen vergoeding voor de werkzaamheden.

Het bestuur vergadert twee keer per jaar en de besluitvorming omtrent schenkingen wordt vastgesteld in deze vergaderingen. Ook wordt met grote regelmaat telefonisch overleg gepleegd zowel met bestuursleden als met de begiftigden. Ook worden projecten waar mogelijk bezocht.